1. 戊辰战争：从京都到函馆

大政奉还之后，德川家的土地、军队及在新政府中的地位仍未确定。王政复古政变后，旧幕府军向京都推进，1868年1月在鸟羽、伏见与政府军交战。战败后，德川庆喜回江户，天皇追讨令授权对他采取行动。

政府军向东进发。山冈铁舟先在骏府接触西乡隆盛，胜海舟随后在江户与西乡谈判。5月3日，江户城交出，原定总攻未执行。上野彰义队、越后及东北各军却继续战斗，江户城协议未使他们一同投降。

长冈的河井继之助谋求武装中立，在小千谷谈判失败后，长冈加入北方联盟。城池易手，败军向会津撤退。政府军经母成峠进入会津，围城约一个月，11月会津投降。地方战役烧毁房屋、损坏田地。

榎本武扬拒绝交出全部旧幕府舰队，10月向北航行，12月抵达虾夷，占据五棱郭。军官在1869年1月选出领导者，建立临时政府，向村庄发布军役命令，并从海产品贸易取得收入。他们申请为德川家臣取得领地，政府拒绝。

1869年5月，政府军在乙部登陆，分路进攻；6月，从海陆攻击函馆。6月27日，即日本旧历五月十八日，榎本投降。败方领导者被监禁，部分人后来进入政府。会津松平家获准复立后，旧家臣与家属迁往斗南。军事胜利之后，救济、征收收入及旧家臣前途，还须由后续决定处理。

1. 政权交还，军队仍分属各方

1867年，将军德川庆喜向朝廷交还统治权，但德川家还将保有多少权力，尚未解决。土地、军队仍有分量，朝廷领导者也对庆喜在新政府中的地位意见不一。

王政复古宣告废除幕府，德川及盟藩却仍有武装力量。要求庆喜交出官职、土地，便涉及这些资源到底由谁控制。旧幕府军向京都推进，在鸟羽、伏见战败。政府追讨令指控庆喜欺瞒朝廷、首先开战，把土地、人民的控制同建立天皇政府联系起来，作为东征理由。

各藩军队、旧幕府部队与海军分散掌握武力，交出一座城并未使其他部队一并服从。地方领导者仍须根据自身处境，选择谈判、投降或战斗。追讨令宣称，以让人民免于战火为天皇目的；实施时，军队却须经过有人居住的地方，伏见烧毁的住宅已显示居民的损失。

北方联盟最初也并非一致要恢复幕府。各藩仍为会津求情，在白石会谈，随后组织联盟，后来设立会议，并把轮王寺宫纳入政治安排。他们一面声称要在天皇政府中取得地位，一面又因抵抗而成为政府军讨伐对象。各藩效忠何方逐渐决定，并非鸟羽伏见开战时就永久固定。

外国承认也经历过程。京都附近交战时，外国代表宣布中立；英国公使随后获准觐见朝廷，1868年5月，正式承认新政府的英国国书送达。胜利、进入朝廷觐见、外交承认各有步骤。外国承认支持政府对全国统治的主张，东北军队、旧幕府舰队却仍未因此归其指挥。

2. 江户、东北与虾夷的战役

京都附近获胜后，政府派军东征。山冈铁舟先在骏府会见西乡，胜海舟随后在江户谈判。4月的两日会谈后，江户城于5月3日交出，免于原定总攻。幕府主要据点易手，其他武装团体的回应仍各不相同。

彰义队在上野抵抗，7月被击败。更北的诸藩形成延伸至越后的联盟，江户城交出后，其他城池、军队仍不断卷入战斗。

长冈河井继之助在小千谷谋求中立失败，长冈加入联盟，交战扩至周边村庄。长冈一度夺回城池，随后再失，军队向会津退去；河井受伤后去世。政府军经母成峠进入会津，抵达城下，松平容保重组的军队在若松城内外抵抗。炮击、围城持续约一个月，至1868年11月投降。

榎本舰队10月北航，途中集结更多旧幕府部队，12月抵达虾夷，攻取五棱郭及松前、江差周围据点。海阳丸在江差损失，削弱海军力量。军官随后选出领导者、设临时官署，谋求为旧德川家臣取得领地、生计。这是军官选举的临时政权，并非具有全国代表性的独立共和国；其领地申请被拒绝。

1869年5月，政府军在乙部登陆，分路逼近函馆。守军先前在宫古夺取政府铁甲舰的尝试已经失败；6月，海陆进攻压缩守军据点，榎本及剩余军队于6月27日在五棱郭投降。船只、要塞不断丧失，政府军协同推进，北军已难持续。双方都使用西式武器，哪一方能补充损失、控制路线、取得战后安排，还取决于其他条件。

不同地区经历不同的投降：江户谈判者可以交出城池、避免总攻，会津守军却经历战斗抵达城下之后的围攻。房屋烧毁、田地受损，不同年龄的平民与士兵一同死去。北方村庄被命令通过军部承担军役，也可循同一渠道投诉非法要求。供给军队、安置家属、失去收成的人，正是通过这些当地遭遇经历战争。

3. 投降、监禁与迁往斗南

1869年6月27日，即日本旧历五月十八日，函馆投降，内战最后一支重要、有组织的抵抗结束，政府收回北方指挥中心。恢复办事的函馆政府，以原始告示通知城镇、乡村居民，翌日起在海关办公。夺回要塞之后，还要重新确立日常行政的地点、权力。

榎本等领导者被拘押，大鸟圭介的旅途日记记下押往东京的路程，以及沿途看到的破坏。1872年，榎本获赦、进入开拓使任职；释放、任用都是投降后才作出的决定。

1869年，战败的会津松平家获准复立，在陆奥北部设斗南藩，旧家臣及家属迁往当地；1871年废藩，又使人员进一步分散。战败之后，家族与依附者的住地、生计，仍须进一步安排。

1870年，移民分批从品川乘船北上，或经陆路前往指定住地。陆奥地方史记述恶劣天气、难找途中住宿，抵达后住房不足；农耕住地建立缓慢，许多家庭靠配粮生存。食物不足、冬季寒冷，使迁徙成为长期生计困难，有记载说人们把海藻混入粥中，节省有限的米。获准建立新藩，并未恢复家属原有生活。材料说明移民艰难，至于各家是否迁徙、所受强制程度，仍不能一概而论。

会津藩主松平容保投降、被禁闭，是戊辰战后安排的一部分；会津后来的纪念叙述，却保存了不同于胜方天皇政府的忠诚观。

4. 村庄义务、救济与新的生计

一系列地方军队、总部被政府收服。追讨令将全国统治与取得土地、人民控制联系起来，不只要求庆喜辞职；战役、战后安排，落实了1月宫廷宣告未能单独取得的权力。

北方临时政府的原始告示，也说明军队向村庄要求什么。一份告示命村民通过森町古屋佐久左卫门的军部承担军役，禁止非法借取，并令投诉也向那里提出。另一份要求海产品交易经物产机构办理。地方劳力、投诉与收入，都是战争的一部分。

收回函馆后，官员调查损失，以发米、低价卖米、援助和减税提供救济。长冈将救济米用于资助学校，新的丝业工作也帮助旧家臣谋生。各地重建、生计措施，随后展开。

惩罚之后，政府有选择地接纳旧敌。榎本后来从事外交、担任大臣，运用了旧政权人员的专长；社区损失与家臣旧地位却未全部恢复。政府分别选择哪里获得救济、哪些人得到任用、复归。

后来变化也影响胜方军人。废藩取消原来为联军征集兵力的地方政府；1873年征兵令，把世袭武士身份以外的人纳入军役。豁免使每个男子承担的服役仍不相同，但军役不再单凭武士家族身份决定。为新政府作战的人，因而帮助建立了后来改变自身服役基础的中央政权。

不同文书各有用途：追讨令把东征解释为讨伐朝敌，北方政府告示则向居民安排义务、付款、投诉。胜方的战争理由、败方的行政，以及家庭损失，都构成统一全国的过程。