1. 石山战争与本愿寺撤离大坂

本愿寺在大坂的总部筑有防御工事，位于俯临水道的高地，水路连接中央诸国与濑户内海。各处寺院及在家信众提供通信、钱款与军事支援。信长扩张时，要求本愿寺交款、撤离。1570年，显如号召信众抵抗，战争由此展开，既有各地战役，也有反复谈判。

1576年起，织田军在石山周边布置阵地，加紧包围；杂贺武装与毛利家仍支援守军。1576年木津川口海战中，西方舰队用燃烧武器击败织田水军，运入粮秣。信长随后命九鬼嘉隆及泷川部将建造更大的船。1578年，这些船凭借重炮击败另一支西方舰队，加强了封锁。船身是否大面积覆铁，仍有争议。

1580年，朝廷使者促成撤离协议。旧历四月，显如携亲鸾像迁往纪伊鹭森，儿子教如与支持者起初留守，旧历八月也撤了出去。寺院建筑群在交接期间焚毁，起火责任不明。亲鸾像的迁移与人员撤离有记载，大坂的武装总部至此结束。

本愿寺在新据点继续活动。后来继承权之争与德川家的扶持，促成京都西、东两处总部的分立，分裂并非在1580年撤离时便已完成。1583年，秀吉开始在原寺院一带修筑大坂城。封锁与谈判改变了这处战略城镇的控制权，亲鸾像、领导层及许多信众社群却在失去据点后延续下来。

1. 设防总部与各地信众

15世纪末，莲如在大坂设立宗教据点。1532年山科本愿寺被毁后，总部迁到大坂。寺院周边逐渐形成设防聚落，水道将这里与京都、濑户内海相连。

本愿寺将多个国的驻寺僧侣、在家信众组织和军事支持者联系起来。各地以捐输与书信联络中央领导层，但信众承担的军事职责、与邻近领主的关系并不相同。

信长推进中央诸国的征服，向本愿寺索取钱款，并要求其撤出石山。显如不愿放弃总部，于1570年号召信众抵抗。各地盟友也可能借牵制信长军队获益。

石山的地势便于防御，水运又能送来补给。争夺因此延伸到周边道路、各地支援，以及运入聚落的物资。围攻大坂的军队除了守住陆上阵地，还须设法阻止外部资源经水路输入。

各地联盟有不同的来历。在木曾川三角洲，愿证寺是长岛信众的宗教中心；他们控制的地区阻碍了信长从北伊势推进。在越前，地方起义推翻了织田家扶持的统治安排，本愿寺的下间赖照成为重要领导者。僧侣、地方首领与武装信众，各自因当地的形势卷入战争。显如的号召传到已有组织中，信众并未因此一律接受相同命令或承担同样的军事任务。

这些组织的覆灭也殃及普通民众。三重县史记载，1574年长岛围城结束时，离去的船只遭到攻击，被围困的男女遭焚烧。1575年，织田军突破越前的防线，在全境追击对手。旧记载给出的死亡人数很大，无法视为精确统计，但对这些信众社群的严重暴力，是理解石山继续抵抗的重要背景。

2. 各地战役、海上补给与朝廷调停

战争一开始就牵涉各地信众联盟及其他盟友。信长除了围攻大坂，也在长岛、越前与抵抗势力作战。双方多次谈判停战，十年间战役时断时续。

1576年，织田军加强石山周边的阵地。守方仍得到杂贺武装和西方海上盟友的支援。木津川口海战中，西方舰队冲破织田水军。太田牛一提到能岛、来岛的水军指挥者，还记述本愿寺出口附近的交战，以及织田军从天王寺一带介入。火箭和燃烧罐使织田船只起火，舰队被击溃后，粮秣送入大坂。守方能坚持下去，有赖于这次成功的补给。

信长命九鬼嘉隆建造六艘大船，另有一艘由泷川方面指挥。牛一追述船队从熊野海岸出发，驶向大坂，途中以重炮击退较小船只的袭击。1578年，船队抵达堺，随后部署到封锁大坂海上通道的位置。

旧历1578年十一月再次发生海战，织田方获胜。记载说，九鬼的船向敌方前列的一艘船开炮，打乱了对方的进攻。重炮、指挥者与得到保护的部署过程，交代了织田方如何应对海战；船身是否完全覆铁、能否免受攻击，仍未得到确认，常见的“铁甲船”之称须保留这一疑问。两次木津川口海战结果相反：1576年援军成功运入物资，1578年织田获胜后，再次补给更加困难。

陆上盟友也会转向。1578年，摄津的荒木村重反抗信长，织田方由此又发动一场战役。要守住大坂周边阵地，既要对付本愿寺内部的守军，也要应付附近势力的背离。

各地的战败削弱了有组织的抵抗，但支援并未全部中断。福井县史明确记载，1575年镇压之后，越前信众仍继续援助石山。本愿寺因失去一些据点、航道受阻而处境恶化，尚存的联系仍能提供帮助。

1580年，朝廷使者与武家中间人谈判撤离事宜。牛一记载了寺内官员的讨论，以及确认撤离的誓约。军事压力促成了商定的撤离日程，中央寺院最终经交涉撤出。

3. 分阶段撤离大坂

旧历1580年四月，显如携妻子、寺内官员和亲鸾像离开大坂。来自纪伊的船只协助撤离，总部迁到鹭森，中央礼拜与领导活动所围绕的亲鸾像得以保存。

教如与不愿立即离开的支持者留守，寺内领导层对和议的回应因此分裂。旧历八月，教如也撤离，朝廷与织田方代表参与了交接。

寺院建筑群在交接期间起火焚毁，土地脱离本愿寺控制。现有材料无法确切判定谁应对火灾负责。撤离、交接与焚毁分别构成了战争结束的不同环节。

信长取得了此前独立的大坂据点。本愿寺在别处仍有领导者与信众；迁走亲鸾像和寺内官员，使它在失去设防总部后，能够从新地点继续活动。

朝廷通过具体代表与寺内商议促成和议。牛一记述，本愿寺官员讨论后以誓约确认撤离，并约定了期限。朝廷提供了谈判渠道，把军事压力转为双方同意的离开安排；围城的织田军却不归它指挥，迫使寺内官员考虑撤退的威胁也依然存在。

留守之争还牵涉家属。记载说，一些杂贺、淡路人有妻儿住在这里，担忧离去后的后果，因此支持较年轻的教如继续据守。这是织田方叙事对他们顾虑的记述，不能代表每位居民的想法，但它说明了留守者面对的具体处境：离开总部，也可能意味着放弃家人居住的地方。显如先离去，教如随后撤离，土地再交接，建筑又遭火灾，这几个阶段各有其影响。

4. 新寺址与旧地上的城堡

本愿寺此后迁到贝塚、天满，最后来到京都。1591年，秀吉赐予京都的寺址。接连迁移中，本愿寺不断接受新的土地，与掌握当地土地的统治者建立关系。

后来的继承安排加深了显如诸子之间的分裂。1593年，秀吉承认准如；1602年，家康另赐教如一处京都寺址。这些后来的举措促成了西、东本愿寺的建立。石山战争期间，后来两寺的阵营尚未定型。

1583年，秀吉开始在原寺院区域修建大坂城。丰臣、德川两家的后续建设改变了地形和建筑。寺院与城堡先后控制同一战略位置，建筑群却没有原样留存。

这场战争中，设防总部能否获得海上粮秣至关重要。各地的捐输、战士和船运支撑抵抗，海上封锁与谈判撤离共同结束了战争。存续的信众组织以及后来获得的寺址，使其影响延伸到战场之外。

迁移也须重新建立人与人之间的联系。寺院年表记载，1585年本愿寺获赐天满一块划定面积的土地，1591年又获得京都七条堀川的土地；大坂信众另建了一座堂，后来随着城市地块重组，迁到津村。这些活动记录了武装总部消失之后，宗教组织如何在新的城市安排中延续。

城堡承接的是大坂水路和中央诸国道路的便利位置，宗教社群与土地权属则发生了变化。本愿寺信众继续在别处活动，后来的赐地与继承安排又形成不同机构。战争改变了战略据点，撤离和暴力迫使一些家庭迁移，宗教组织则在新的统治者扶持下继续生存。