1. 后醍醐在吉野建立对立朝廷

1336年的战争中，后醍醐未能守住京都。湊川战败后，他退往比叡山，足利尊氏则在京都拥立光明天皇。双方交涉后，后醍醐回京，居住在花山院，受到监视。

神器在京都交出，后醍醐随后声称那些并非真品。1336年末，他逃往大和的吉野，维持自己的朝廷。依吉水院的传承，该院宗教团体曾为他提供住处。支持天皇的人因而有了足利控制以外的中心。

京都、吉野各自通过仪式、任命、文书主张皇位传承。后醍醐依靠皇子、将领、地方盟友，足利支持的朝廷则与首都正在发展的武家政府并存。战争期间，两方的军事资源都在变化。

朝廷分裂也影响庄园权利。尊氏1336年确认一条家财产的书信，记录了一个公卿家族在他尚未成为将军时便寻求认可。诏令能否生效，要看谁有能力执行；具体赏赐、可落实的裁决，才能将军事支持与天皇授权联系起来。

后醍醐1339年死后，后村上继位，南朝继续存在。1392年两朝达成和议，分裂才结束。支持者之间也会决裂、转投联盟，观应之乱尤其如此。吉野朝廷成为持续与京都竞争的机构，却未将全国分成两个稳定辖区，也未让各地居民始终一致效忠一方。

1. 建武之后，京都出现两个皇位主张

1336年，尊氏从九州返回，在湊川获胜，后醍醐在京都周围的军事力量因而削弱。楠木正成已在该战役中死亡，其追随者与此后的朝廷分裂有关，正成本人则未及在后来建立的吉野朝廷任职。

后醍醐退往比叡山，尊氏在京都拥立光明天皇。光明即位，使足利军事领导人同皇室的持明院统这一系相结合。后醍醐属于大觉寺统这一系，又以镰仓幕府覆亡后回京的天皇身份，继续主张自己的皇位。

两系都出自皇室，争执在于哪一系的传承、机构获得承认。仪式、任命、神器、军事保护，都是维持朝廷的条件。后醍醐虽在京都周围战败，仍有支持者，仍坚持自己有权在位。

双方交涉，使后醍醐回到京都，受到监视。足利一方试图让这项对立的皇位主张留在自己控制的京都之内。后来后醍醐出走，竞争便难以再限于一城之内、同一皇室之中。

京都的领导者也须说明战后如何治理。1336年《建武式目》就政府驻地、司法行事、地方官员选任、收回战时被占房屋提出建议。尊氏的军队与既有朝廷并存，军事胜利须与任命、法律程序、首都机构相结合。后醍醐离京后，在别处保留了竞争的天皇授权来源，对京都的这项安排构成挑战。

2. 逃往吉野，神器与朝廷的延续

从比叡山回京后，后醍醐住在花山院，神器在此交出。他后来声称交给光明的并非真正的神器，以此否认京都即位的正统性。神器真伪仍有争议，双方说法本身都不足以独立确证当时交出了什么；政治上的结果则较明确，后醍醐在京都以外延续了皇位传承和发出诏令的朝廷。

1336年末，后醍醐前往吉野。当地有宗教机构，也有连接大和与支持地区的道路。吉水院传承记载，天皇曾暂住该院，随后建立朝廷。如今与这次居住相联系的房间，经过数百年后的改建。

朝廷须作出任命、举行仪式，与支持者保持联系。文书可将天皇命令传到住所以外，接收者仍须有地方权力，才能执行。皇子、将领把朝廷与各国的军事网络相连。

迁居也需要人手、物资。侍从、仪式人员维持宫廷活动，文书人员起草命令，使者传递，卫兵、支持朝廷的家庭提供保护和供给。天皇可以在京都以外任命地方支持者，任命却须有人愿意、有能力遵行；道路是否畅通、收入能否取得，关系到朝廷的存续。

1336年战争期间，军务与宫廷中介之间的联系已有具体记录。一封被认为写于义贞播磨作战期间的信，请公卿四条隆资为法隆寺领地安排保护、诉讼事务。皇室档案说明，此信由文书人员书写，并非义贞亲笔。将领、公卿、寺院、争议庄园通过文书发生联系；朝廷迁往吉野后，这类中介仍然必要，只是天皇所在的授权中心变了。

京都拥有既设官署、公卿家庭、传统宫廷仪式场所的优势。吉野则依靠宗教机构、地方盟友，提供另一处中心。两地资源并不相等，影响所及也随道路控制、使者通行、军队胜败变化。起初既没有固定的疆界，也不是两座条件相同的宫殿。

3. 两朝争权，盟友与庄园随战局变化

光明朝廷在京都，与足利政府并存；后醍醐朝廷在吉野，取得地方军事支持。双方竞争并未形成稳定的领土划分，控制范围仍随战役、任命、效忠变化而改变。

公卿庄园主、掌有土地权益的武士，希望权利确认得到有能力执行的军队承认。1336年，尊氏确认一条家在土佐、赞岐、摄津的继承领地，就是一个具体例子。一条家在尊氏1338年正式受任将军以前，便已寻求他的认可。

这封确认书认可的是继承领地，并非新夺土地的赏赐。信写给中介者，也反映书信礼仪：刚到京都的军事首领，不能径直以平辈身份致信地位显赫的一条家家主。军事影响使请求在尊氏取得将军头衔前便送到他面前，公卿等级则仍影响回信方式。

后醍醐1339年死后，后村上继位，其后天皇继续维持南朝的主张。追随者所服务的是持续的皇位传承，而不只是某位被废天皇个人的抵抗。

军事联盟也始终在变化。观应之乱中，足利各派为了对抗彼此，寻求南朝支持。中央变化又使地方权利持有者卷入官职、财产争夺。两朝仍是这些变化中的联盟取得授权的重要来源。

南朝同地方的联系，各有具体过程。怀良亲王赴九州，在南九州受到谷山家接待。后来，足利直冬也在当地找到反对幕府地区领导者的支持者。黎明馆将九州局势描述为三方竞争。随着战争延续，皇子、武士家族、足利各派可同不同中心结盟，单一的南北两分地图无法概括这些关系。

庄园主、地方民众也面对军粮和收入征调。南朝军以“chōyōbun”为名征用庄园收入，幕府一方的守护则分派收入供养部下。一项权利虽获确认，另一权力仍可能要求供给。因此，判断哪道命令能执行，既涉及天皇正统，也关系到能否保住收入、领地权益。

4. 和议、地方收入与后世的南朝记忆

分裂持续至1392年。义满安排和议，后龟山将神器交给后小松。和议许诺的皇位传承安排后来仍有争执，两朝不再同时存在，却未立刻消除皇室各支之间的所有不满。

战争延续，也扩大了守护对庄园的干预。1352年，幕府允许近江、美浓、尾张以庄园收入的一半供军，最初针对当年收成。这类“半济”安排由守护供应军队，减少庄园主所得。后来措施扩展、变化，包含土地分割，也有重要庄园获得豁免。两朝竞争因而涉及地方收入、地方治理；这项1352年的安排并非1336年就让所有守护取得全部土地的一半。

吉野的纪念场所也有自己的后续历史。吉水院改为吉水神社，与后醍醐居住相联系的房间含有后来的改建。神社保存天皇曾居住的传承，现存建筑出自不同时期，未完整保留1336年临时朝廷的原貌。

近代的朝廷分类又是另一阶段。1911年，一部学校历史教师用书引发争议，从报纸批评发展到议会质询。文部省停用这部用书，后来的教科书审议采用“吉野朝廷”的称呼。二松学舍大学展览保存的通信，记录了部里要求不得把两朝描述为并列的合法朝廷。近代官方教育由此在皇统叙述中偏重南朝，但未据此确证十四世纪每位土地权利持有者的信念，也未解决京都所交神器的真伪。

1934年，建武改元六百年展览收集、陈列中世纪文书，使存世记录进入新的公共展示环境，也影响人们如何记忆建武恢复、南朝。

中世纪的变化在于：只要保有官员、仪式、军事盟友，一支天皇传承便能在传统首都之外继续运作。机构、联系在战争中不断变化。吉野后来的声名、京都较多的存世记录，都不足以说明1336年已获普遍承认。