1. 朝廷迁往平安京

794年，桓武天皇将朝廷从长冈京迁入京都盆地的新城平安京。784年，他已将朝廷从奈良迁至长冈。这第二次迁都，发生在多年建设之后：期间藤原种继遇刺，皇太子早良被废、身亡，水灾也给长冈带来困难。

天皇抵达之前，准备已经开始。793年官员勘察新址，当年稍后分配宅地；794年，东、西两市先从长冈迁来。宫殿之外，官署、居民与供给物资的市集也在新城中逐渐聚集。

宫殿位于北部，朱雀大路向南通至罗城门。东半部称左京，西半部称右京，街道网格参考了大陆与日本早期都城的规划。东寺、西寺在南方入口两侧发展为国家寺院。规划城区东西约4.5公里，南北约5.2公里。

朝廷迁入时，新城尚未建成。木材、瓦、粮食、劳力须从盆地之外运来，各地同时仍在供给北方军事行动。805年，藤原绪嗣在桓武面前主张停止战争、营建，减轻民众负担，菅野真道反对。桓武采纳绪嗣意见，削减大规模国家工程，朝廷却仍留在这座已有人居住的京城。

平安京长期为朝廷驻地，城内生活与政治活动不断变化。西部一些地方受湿地影响，贵族居住、商业更多向东发展。后来宫殿失火，天皇转住原宫城之外的贵族宅第。京都的延续，依靠人们不断使用这处中心，城区、建筑并未停留在794年时的样子。

1. 从长冈京再次迁都

794年是桓武第二次迁都。784年，他已将朝廷从奈良的平城京迁至长冈京，利用新址的河运条件。朝廷留驻长冈，宫殿与城区仍在继续营建。

785年，负责营建的藤原种继遇刺，调查引发惩罚，桓武之弟早良被废皇太子之位。早良在押赴流放地途中身亡，此后的疾病、灾难又被归于他的怨灵。刺杀、继承变更是当时发生的政治事件，怨灵说则是在这些事件周围形成的宗教解释。

水灾与持续建设的费用，又使长冈面对更多困难。另选新址意味着重新取得土地、铺设道路，迁移市集、官署和居民。为朝廷及北方战事提供资源的各地方行政区，仍须承担这些工程。

京都盆地适合规划宫城，但那里已有聚落、宗教场所、道路、水道。官员与营建者须将规整的规划落实在这片既有地景上。后世有和气清麻吕建议选择山城盆地的说法，确有记载的准备则包括官员勘察、工程安排；这项传统并未留下可以确定选址决定的对话。现有记述未能确定桓武选址的唯一动机，长冈也曾是朝廷实际驻留、营建的都城。

早良问题延续到了新都。800年，桓武追赠亡弟“崇道天皇”称号，试图安抚被认为引起灾祸的怨灵。继承争端及其宗教后果，并未随着朝廷离开长冈而消失。

2. 建设尚未完成，朝廷先行迁入

793年，桓武派藤原小黑麻吕等官员勘察葛野郡的新址。新都动工，长冈旧宫殿的部分建筑开始拆除，桓武在筹备期间使用另一处住所。793年二月，朝廷向贺茂、伊势奉献祭品，又向祖先陵墓告知迁都计划。朝廷还未入住，工程与迁都的礼仪程序已经同时展开。

新城于793年分配宅地，794年东、西两市也从长冈迁来，先于天皇抵达。交易场所与贵族住所逐渐在新中心落定，并未等到全城建成才启用。

桓武于794年十月进入新都，诏书宣布迁都，次月命名为平安京。这些月份按当时历法记述。天皇到达，使新城正式成为朝廷驻地，官署、道路、排水设施与住房仍有许多待建之处。

宫殿在北部，朱雀大路构成中轴，向南通至规划中的城门。东寺、西寺位于南方入口两侧。朝南的天皇，左侧是东、右侧是西，因此东半城称左京，西半城称右京。街道网格借鉴大陆及日本早期都城，大路、小路划出行政街区，街区再细分为宅地分配单位。家庭依等级安排在宫殿周围，营建者则须修路、排水、建房，各区的建设与居住进展并不均衡。

木材、瓦、工人、粮食需要从各地送来。805年，桓武听藤原绪嗣与菅野真道争论政府给民众带来的负担。绪嗣主张停止北方战争与都城营建，真道反对，桓武采纳绪嗣意见，撤销营建都城的机构。大规模国家工程停止，朝廷仍在城中办事。

3. 留驻新都之后的治理

迁都使朝廷获得新的驻地。市集、官员、贵族各家已经开始安顿，桓武入住后，政府事务与宫廷仪式也转到这里。805年的决定承认营建、军役使民众承担的费用，限制了进一步的大规模国家建设，却未说明原规划已全部实现。日常维护、小规模调整仍可在有人居住的京城继续。

奈良大寺仍拥有僧众、庄园及与朝廷的关系。新都改变了皇家政府所在的位置，旧有寺院却保有自己的资源、影响力。810年，退位的平城天皇试图把朝廷中心恢复到奈良，嵯峨天皇政府击败这一挑战，平安京留驻的安排因后来的政治较量再次得到确认。

新都本身也建立了佛教机构。东寺、西寺最初设置在南方入口，823年朝廷将东寺交予空海，使之成为真言教义与仪式的中心。迁都远离奈良，同时又发展新的佛教中心，敌视一切佛教并非已有材料能够确证的唯一迁都动机。

留驻京城，还须不断处理土地、水务。824年，朝廷设置负责保护贺茂川、桂川的官员；827年，左京、右京官署奉命查明空地，要求地主耕作。这些措施面对的是已有人居住、却发展不均的城区。朝廷决定留下之后，各地段仍须具体治理，才能继续使用。

4. 城市在反复使用中成为京都

朝廷数百年留驻京都盆地，授予官职、举行仪式，贵族居住与文学活动都有了持续的中心。粮食、手工业物资将城市与周边、远方各地连接起来。794年迁都，把这些需求集中在后来政府反复选择保留的地点。

城区内部却不断变化。西部部分地区潮湿，人口、贵族活动愈来愈向东发展。庆滋保胤于982年写《池亭记》，描述西京衰落、东京繁盛。这篇文字出自建都很久之后，属于文学观察，非人口调查，无法据此确定西部各街区从建都起便已空置。

宫殿失火后，天皇使用原宫城之外的贵族住所作为临时皇宫，旧宫殿的一些地方逐渐衰落，形成后来称为“内野”的地区。政治中心仍能延续，具体建筑则不断替换、废弃。街道、考古遗存、东寺、西寺遗址与神泉苑，各自保存了都城空间史的不同部分，分属不同居住、重建时期。后来京都的面貌，在平安京网格之内、之外逐渐形成。

右京四条的一处发掘，提供了西部城区继续使用的具体痕迹。考古人员发现街道改为排水渠，后来建筑又盖在填平的沟渠之上。十一世纪末至十三世纪初，这些建筑反复更新，可能用于小泉庄的管理。发掘者将水道变化与较早的主排水渠被替换联系起来。这里能确定的是一个街区的基础设施、土地用途发生变化，整个西京的人口状况仍不能据此重建。

朝廷也曾离开又返回。1180年，平氏将朝廷迁往福原，当年又回到平安京。延续之中有中断，也有围绕返回的争夺。即使某些宫殿、街道网格逐渐消失，已有房屋、机构与交通路线仍反复为后来政府所用。