1. 鸟羽、伏见之战与庆喜离开大坂

新政府要求庆喜交出官位、领地，双方却未议定如何移交。江户萨摩藩邸被烧的消息传到大坂，激怒了庆喜的追随者。旧幕府一方派兵前往京都，同时带去一份指控萨摩的文书。

1868年1月27日，军队来到两条已有守军的进京道路。鸟羽路的小枝桥附近，萨摩军拦住去路，野津镇雄的炮兵已部署在城南宫附近。交涉之后，萨摩开炮。在伏见，驻奉行所的旧幕府军与御香宫一带的萨摩、长州部队交战，战火在这座港口城镇蔓延，烧毁了民居。

次日，嘉彰亲王获授天皇的军事指挥权，带锦旗出发。朝廷的授权为联盟的战场命令提供了依据。萨摩军记录也记下了具体调兵过程：部队由伏见转往鸟羽增援，敌军撤退后，各支部队沿不同道路追击。

旧幕府军经淀退往八幡、桥本。津藩遵照朝廷命令支持新政府，守住河对岸的山崎。获胜部队沿堤岸向桥本推进，撤退中的旧幕府军失去了获得此前犹豫诸藩支持的可能。

1月30日晚，庆喜与松平容保、松平定敬登上海阳丸，离开大坂前往江户。留在当地的军队失去所拥护领袖的指挥，只能撤退。新政府随后以攻击朝廷为由下令追讨庆喜，开始东征；上野、东北及箱馆的抵抗仍在继续。

1. 旧幕府军向京都进发

庆喜交还政权之后，德川家的资源仍然完整。1月王政复古会议要求他交出朝廷官职及领地；双方对条件仍有争议，他退往大坂。

江户萨摩藩邸被烧的消息传到大坂，加深了旧幕府军及会津、桑名盟军的敌意。庆喜发布指控萨摩的文书，并命令军队向京都进发。

进京可走鸟羽、伏见两路，支持新政府的藩兵已在沿途设防，阻止旧幕府军进入朝廷新政府所在的京都。伏见是京都通往大坂的淀川水运港口，两条道路都穿过居民区；奉行所、民居、商街因而都可能陷入战火。

双方都学习过西洋军事。幕府聘请法国顾问，引入法式编制，对方诸藩也购入外国武器、学习操练。装备差异不足以将这场冲突解释为现代军队击败一支全然落伍的军队。旧幕府军要将控告萨摩的文书送入京都，却须穿过以朝廷名义设防的部队。

《品川区史》还记下了出兵前的交涉：有人通过朝廷中间人商议庆喜的官职与领地义务，大坂军队同时愈发愤怒。控告文书伴随武装部队前来，增加了交涉的风险；其中哪些行动属于请愿、护送或进攻，双方各有说法。

2. 两路交战，败军南撤

旧幕府部队从大坂北上，桑名兵走鸟羽方向，会津兵在伏见一带。指控萨摩的文书交代了政治目的，但武装部队前来递交，也使争端变为军事对峙。

1月27日，鸟羽部队来到小枝桥附近的萨摩防线。幕府大目付泷川具举也在要求通行的人当中。野津镇雄指挥的萨摩炮兵已部署在城南宫附近，关于通行的交涉最终以开火告终。

伏见奉行所一方与御香宫附近的新政府军交战，火势蔓延至民居。军队占据的建筑与水道，平日也供当地人通行、交易。

萨摩军记录记述了1月28日的激战，以及从伏见转往鸟羽的增援。新政府军在两处战线间调兵，既凭借朝廷授权，也须将部队及时送到争夺中的阵地。

嘉彰亲王获授天皇的军事指挥权，带锦旗出发。旧幕府军后退，追兵分别走伏见、鸟羽、山崎三路。执行朝廷命令的是各藩部队，当时尚未建成中央征兵军队。

追击经淀到达八幡、桥本。津藩遵照朝廷命令加入政府一方，其军队守住河对岸的山崎。萨摩及盟军沿堤岸向桥本推进，旧幕府军则退向大坂。

据山口当地记载，锦旗由岩仓委托大久保及品川弥二郎制作，品川把布料带到长州，制成天皇军旗。这是政治人物借助天皇传统作出的准备。当地记载还谈到旗帜的心理影响，但各个士兵、诸藩是否作出相同反应，仍缺乏足够依据。

津藩内部有人原先支持幕府，朝廷命令却促使该藩支持新政府、守卫山崎。龟山藩则迟迟未作决定，后来才跟随占上风的一方。各藩如何选择，与战场上的增援、追击一同影响了战局。

3. 庆喜离开大坂，朝廷下令追讨

进京行动失败，新政府军守住两条道路，把对方赶向南方。庆喜的联盟因而失去了立即率军进入京都、推翻宫廷决定的能力。

1月30日晚，庆喜与会津藩主容保、桑名藩主定敬离开大坂，乘海阳丸前往江户。留在大坂的军队失去主要领袖，无法再由他们从大坂城指挥下一次战役。

朝廷随后发布追讨令，将此前的进军认定为攻击朝廷，并指控庆喜在表示恭顺后仍施行欺骗。这是新政府为追讨他提出的理由，庆喜的私下意图及所有败军是否意在攻击天皇，仍不能由这些指控确定。

伏见奉行所与大片民居被烧毁，当地居民承受了战争破坏。更远的东部、北部仍有抵抗，京都附近的败战后，并非所有旧幕府部队、盟藩都已投降。

外交承认也须另行办理。巴夏礼支持外国在内战中保持中立，后来协助安排外国代表觐见天皇。1868年5月，他递交英国君主国书，表达了英国对新政府的承认。军事胜利与外交承认彼此相关，外交上的移交仍须经过这些后续程序。

4. 东征与各藩不同的选择

新政府如今可以下令追讨庆喜、派兵向东。号令将取得领地、人口控制权的要求，与庆喜追随者率先开战的指控相联系，把东征同时称为惩处敌人、救民于战乱。

各藩选择并不一致。津藩遵命支持新政府，守住山崎。桑名仍有分歧：主张归顺者交出了城池，定敬却继续在其他地方抵抗。城中人员归顺后，藩主仍可能继续作战。

萨摩军记录记下此后的继续部署，部队先后参与东部、东北战役，箱馆之战还在后面。朝廷的任命赋予联盟全国指挥的名义，实际控制则由一场场作战建立。

政府许诺救民于战乱，伏见居民却在两军交战处失去家园和财产。军队取得胜利、政权转移之后，这些地方损失依然存在。

败军的军事知识并未消失。原幕府人员把军事、语言知识带到德川家在静冈的安置地和沼津学校，明治政府后来也聘请法国顾问。新国家军队的装备、训练因此继续发展，参与这一过程的也包括先前战败的一方。