1. 王政复古政变废除幕府

庆喜1867年11月交还政权，德川家仍有土地、兵力、官员。朝廷主导的会议仍可能容纳他，主张王政复古的领袖却要另建政府，结束德川家的领导地位。

1868年1月3日，即日本旧历1867年十二月初九，联盟军限制京都宫廷出入。岩仓具视及参与领袖取得天皇批准，发布王政复古号令。谁能进入宫廷，也决定谁能参与这些程序。

号令接受庆喜奉还政权、辞去将军职，废除幕府及摄政、关白，临时设置总裁、议定、参与三职，分别为最高负责人、高级议政官及次级议政官。有栖川宫炽仁亲王任总裁。号令援引神武建国，要求不拘公卿、武士旧等级共同商议。

当晚小御所会议讨论庆喜的地位，他本人未在场。山内容堂赞成容纳他，岩仓、大久保利通要求其交出官位、领地，浅野长勋参与调解。将军职已废，如何取得德川家资源，仍是另一项问题。

庆喜退往大坂，谈判与军事准备同时继续。萨摩川上弘兼的信形容他恭顺，追随者却难以安抚，联盟内部对巡逻责任也有分歧。新官职虽已建立，宫外兵力由谁指挥，仍未议定。1月稍后鸟羽、伏见的战斗，考验了新政府的主张。

1. 政权交还之后的资源

奉还政权之后，新政府由谁参加仍未确定。庆喜有德川家土地、兵力，幕府官员继续办事；大名会议可以使他在朝廷之下占有重要位置。

土佐山内容堂赞成这条途径，岩仓具视和与萨摩合作的领袖则主张以王政复古排除德川领导。两种安排都以朝廷权威为依据，顺序却不同：大名会议先容纳庆喜，利用德川行政能力；复古联盟先确定新政府，再决定其位置。官员、财政尚待安排，谁能接近朝廷尤其影响后一种方案。

宫廷既是天皇居所，也是发布决定的场所。限制出入，可以决定哪些官员、诸侯参与宣布，因此守卫既关系安全，也关系会议成员。

庆喜申请辞去将军职，与交还政权仍是两件事。号令可以正式处置旧官职，联盟还须提出移交德川家资源的要求，并让德川一方接受。到了1月，这两项工作都摆在联盟面前。

安艺也并非只坚持一种途径。浅野曾支持与萨摩、长州共同采取军事行动，安艺藩同时催促庆喜奉还。他后来参与调解，延续了此前尝试多种办法解决危机的做法。

2. 控制宫廷、号令与会议

1868年1月3日，联盟军控制宫廷，限制人员出入。这一天在日本旧历仍属1867年十二月，联盟先控制会场，再作宣布。

岩仓及参与领袖取得天皇批准，号令接受庆喜先前交还政权、辞去将军职的两项请求。守军控制场所，正式决定则以天皇名义作出。

号令废除幕府、摄政及关白，临时设总裁、议定、参与。号令援引神武建国，要求公卿、武士不拘旧有等级共同商议，却未规定要恢复哪一套完整的古代行政制度。

有栖川宫炽仁任总裁，大久保任参与。新任官员由此在治理机构中有了职务，可以向朝廷提出方案，但更广泛的行政事务仍待安排。

当晚小御所会议，容堂主张庆喜应先参与商议，再决定其位置。岩仓、大久保则要求先交出官位、土地，浅野长勋参与调解，促成这一要求。会议由废除职位，转向减少前任者的资源、地位；领地还须调查、移交，会议决议时并未完成。

庆喜随后前往大坂。川上弘兼的信记述其恭顺，也记追随者骚动；其他信件则记土佐、安艺不愿承担巡逻。德川一方和联盟内部，各有尚未协调的回应。新官职使公卿、武士可以共同议政，各藩力量仍有差别。

3. 新官职与尚未完成的移交

号令以临时朝廷机构取代旧有全国治理官职，接受庆喜辞职，正式结束其将军任命。朝廷由担任新职的官员发布政务决定。

要求交出领地之后，德川产业仍未全部移交，庆喜在宫外仍有兵力、资源。要落实这些要求，还须经过谈判或动用武力。他在大坂继续通信，与支持者商议，川上的记述将其恭顺与追随者躁动分开，联盟的巡逻分歧也继续存在。

1月稍后，军事力量未定的局面在鸟羽、伏见受到直接考验。号令为新政府行动提供权威，宫外控制则要靠接下来的战斗、议定办法取得。

旧官职正式废除，军事命令、纳税及官员通信却未自动全部改由新政府掌握。庆喜退往大坂后，仍掌握这些资源，联盟也还要协调治理工作。十九世纪公卿、藩内官员在新设职务中办事，以神武建国的语言赋予行动天皇权威，实际分工、权力争议则属于眼前的危机。

4. 通过新官职处理政务

总裁、议定、参与三职，使官员能够以天皇名义提出方案。工作超出废除幕府，还要决定天皇、政府在哪里办事，如何处理京都以外的事务。

鸟羽、伏见战后，大久保向有栖川宫炽仁提出大坂建都方案，主张减小朝廷与民众的距离，让君主出行、关注民众，并指出大坂在外交、军事方面的优势。建议送交新任总裁，成为临时政府需要考虑的一项方案。

建都方案未获采用，1868年春天却有天皇赴大坂的行程。是否迁都、是否出行，是分别作出的决定，政府做法经进一步商议形成，未在1月号令中全部确定。

号令要求跨越旧公卿、武士等级，扩大上层议政，未建立选举或藩内居民平等参与。普通人与新政府的关系，还取决于后来的行政、军事措施。

年轻天皇批准方案，朝廷人物和诸藩领袖提供守军、提出建议、担任官员，新政府依靠这些人运作。联盟并非始终一致；号令建立了有权威的中心，其未来权力界限仍未议定。