1. 第二次长州征讨失败

1864年第一次征讨结束后，幕府再度处理长州问题。此前协议要求惩处重臣、拆除山口工事，长州内部战斗却使另一批领袖掌权，准备武装抵抗下一次进攻。

大村益次郎重组长州军，引入西式操练，改善武器供应。1866年，战斗在艺州、大岛、石州、小仓四路展开。两年前曾在京都与长州交战的萨摩，这次拒绝参加征讨。

幕府海军炮轰周防大岛的村落，盟军登陆。高杉晋作率丙寅丸攻击海军，长州陆军收复大岛。石州方面，大村军队进抵滨田，守军焚烧部分城内建筑后撤退。海峡对岸的小仓，长州军在门司附近登陆，向内陆推进，其他盟军撤走，小仓守军只能烧城，继续向南抵抗。

远征陷入败局时，家茂死于大坂城。庆喜继承德川家，寻求结束征讨。10月10日，胜海舟在宫岛大愿寺会见长州代表，商议停止作战，要求长州不追击撤退部队。小仓的战斗仍在继续，到1867年才另行达成协议。

幕府未能迫使长州接受要求，长州保留了政府与战力，滨田、小仓却遭遇据点毁坏、统治者撤离。幕府以武力使长州服从的能力被削弱，全国下一步采取哪种政府形式，仍有争议。

1. 第一次协议之后的长州

1864年，长州在京都宫门附近战败，幕府随即发动第一次征讨。协议让三位重臣承担责任，并要求拆除山口防御工事。毛利藩得以延续，藩内是否归顺的争论却未结束。

高杉晋作起兵，随后的内部战争改变了长州政府。新政府一面表示归顺，一面准备抵抗进攻。到1866年，长州也已修复山口工事，恢复了此前按协议拆除的防御。

大村益次郎负责军事重组。分散步兵战术要求士兵离开密集队形行动，通过操练熟悉各自任务。长州因此既采购武器，也组织训练。

外交局面同样变化。萨长协议承诺在特定条件下提供支持、帮助争取朝廷支持，其中包括可能与“一会桑”发生冲突。萨摩拒绝参加新一轮征讨，幕府因而失去了一个曾帮助达成第一次协议的藩。

幕府于1865年下令重新动员。家茂赴大坂，政府向装备、投入程度不一的诸藩征集兵力。幕府军依赖各藩出兵，萨摩拒绝的影响因而具体可见。萨长协议改变了哪些藩可能参战，其他诸藩的打算与远征经费安排，则不能单由这份协议说明。

长州也向藩外申诉。宍户的《长防臣民合议书》叙述第一次协议中的归顺，称再次进攻不公，并把文本发给广岛其他藩的人。图书馆说明指出，宣言声称的印数，远高于可能实际流传的数量。宣言用以说服潜在盟友，操练教材则教士兵分散行动，两者分别为政治支持和作战作准备。

2. 四路交战

长州四个方向都出现战斗：东侧艺州、濑户内海周防大岛、面向日本海的石州，以及关门海峡对岸小仓。战争因此在长州被称为“四境战争”。

幕府海军炮轰大岛村落，掩护陆军登陆。民居被烧、人员伤亡的报告送到长州政府，请求增援。在长州反击、收复大岛之前，岛民已先承受了战火。

高杉晋作将丙寅丸转往大岛，攻击幕府海军，长州陆军各部随后合力收复岛屿。登陆军一度占据据点，却未能守住。

石州方面，大村军队进抵滨田，守军在城内放火后撤走。滨田失守，但后来从天守取出的记录表明，最初焚烧时天守仍然留存，并非所有建筑都毁于那次火灾。

小仓方面，长州军渡海到门司，向城池推进。肥后、柳川、久留米等藩部队也曾与小仓兵集结，但投入程度不一。其他支援部队相继撤离，小仓守军焚烧自己的城池，退往南方香春，失去主要据点后仍继续抵抗。北九州市记述中的总数和新旧武器简单比较，未足以精确说明四路所有部队的实力差异。

艺州路的幕府军也未能突破。各路未能迫长州归顺，大岛一度取得的登陆成果又被反攻消除。家茂在大坂去世时，征讨已经处于困境。

军需还影响到战场以外的居民。福井市博物馆年表把藩政府采购征讨用米，与米价上涨、民众袭击富户和店铺相联系。长州在石州的民政记录也记下起事、物价上涨，前线本部须加以处理。向外进军的长州军，同样要应对作战、占领与供应带来的治理问题。

3. 停火与各地善后

远征结束，长州没有因军事失败而接受再次惩处，政府和军队得以保留，与第一次协议中重臣死亡、拆除工事的结果不同。

家茂去世，在军队战败之外又留下继承问题。庆喜先继承德川家，远征停止后，才在日本旧历十二月获朝廷任命为将军。

1866年10月10日，胜海舟在宫岛大愿寺会见广泽及其他长州代表，代表庆喜提出停止作战，并要求保证不追击撤退军队。再次进攻未能迫长州投降，谈判却使幕府军有办法脱离战斗。

停火未立即解决每一处冲突。小仓仍从南方抵抗，1867年才与长州议和，整个远征的停火日期因此与小仓战线战斗、善后的结束日期不同。

长州指挥官保住了重组后的部队，平民却仍面对岛上住宅被烧、城中官府撤走和粮价上涨。战场外的米价抗争，也表明远征耗用了居民谋生所需的资源。

海舟争取到的是撤军不受追击。庆喜仍继承德川家，后来出任将军，幕府官署、军队与外交义务也还存在；幕府却无法再凭这支诸藩联军迫使长州接受征讨要求。失败涉及各藩合作与战场形势，无法仅归于一次战斗或家茂之死。

4. 长州保存战力，地方据点丧失

再次征服长州变得更难。长州军事组织保留下来，幕府召集征讨军，却未换得长州服从；萨摩拒绝参战也显示，有些藩不愿支持这场远征。

地方统治同样变化。滨田守军放弃城池，小仓失去主要据点，后来包括今日门司、小仓地区的企救郡归毛利家管辖。北九州市记述还记下城中的鼓、灯笼被带往长州。领土移交、官府撤离及物件转移，都是幕府声望损失之外的实际变化。

周防大岛居民首先遭遇炮轰、住宅焚毁。士兵、官员则须处理占领地区、撤退据点与后续谈判，经历与长州领袖从远征失败中获得的政治优势不同。

停火之后，政府形式仍未决定。庆喜仍获任将军，反对者继续争取朝廷支持。长州的存续改变了他们可采取的军事行动，却未独自决定后来王政复古的制度、联盟。

长州政府准备抵抗，组织武器采购、训练；对方虽已集结部队，各藩投入却可能减弱，甚至完全撤离。结果提高了长州与萨摩合作的价值，并显示规划全国统治时，须考虑能够拒绝命令、自行议定办法的诸藩。