1. 清正营建新熊本城

清正1588年入主肥后，最初住在旧熊本城。1590年，他开始修整旧城，后来又在茶臼山台地营建新据点。官方年表将1599年列为可能的开工时间；大天守约于1600年建成，整个建筑群则到1607年完成。

石墙支撑各处围郭，上部坡面陡峭，是这里防御设施的特点。庞大的城内设有天守、橹楼和严密设防的城门。1607年完工时，城镇名称从“隈本”改为“熊本”。新城成为清正一家的据点；1632年加藤氏被没收领地后，细川氏在此治理。

后来的灾毁与重建，改变了今天所见的城堡。1877年，原有天守和主殿毁于火灾。现存天守是1960年以钢筋混凝土重建的，2016年地震中受损，至2021年修复。早期石墙和保存下来的木造建筑是历史遗构，重建的天守则再现了原城的外观。